|
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ
НАЦИОНАЛЬНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР
АКУШЕРСТВА, ГИНЕКОЛОГИИ И ПЕРИНАТОЛОГИИ
имени академика В.И. Кулакова
Министерства здравоохранения Российской Федерации
|
+7 (495) 531-4444
РЕГИСТРАЦИЯ
|
ЛАБОРАТОРИЯ БИОИНФОРМАТИКИ
Лаборатория биоинформатики образована в 2014 году. Основным направлением деятельности лаборатории является создание научно-практического задела на стыке математики, физики, информатики, биологии и медицины.
Лаборатория сотрудничает с различными учреждениями, среди которых: Институт проблем лазерных и информационных технологий РАН – филиал Федерального государственного учреждения «Федеральный научно-исследовательский центр «Кристаллография и фотоника» Российской академии наук» – по направлению медицинская физика, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Федеральный исследовательский центр химической физики им. Н. Н. Семенова Российской академии наук – по направлению полимеры и композиционные материалы для доставки лекарств.
ЗАВЕДУЮЩИЙ ЛАБОРАТОРИЕЙ
Специалисты
задачи лаборатории
Анализ биологических данных: NGS, microarray, MS, PCR, биостатистика:
- Оценка роли микроРНК в патогенезе и диагностике эндометриоза;
- Применение nmf и t-sne в задаче клеточного типирования на основе экспрессии генов;
- Оценка и визуализация дифференциальной экспрессии генов;
- Разработка программного комплекса для типирования генов системы HLA и KIR;
- Применение метода NMF для разделения суммарных экспрессий генов в ткани на отдельные клеточные типы;
- Атлас экспрессии генов в нормальном эндометрии.
Анализ NGS: пайплайн для анализа полных геномов либо экзомов человека. Пайплайн состоит из следующих частей:
- Контроль качества прочтений;
- Выравнивание прочтений на референсный геном геном hg38;
- Анализ отличий от референсного генома;
- Аннотация отличий по базам данных частот и патогенности;
- Фильтрация полученных результатов.
Разработка программного обеспечения (ПО): разработка масштабируемых программных комплексов, баз данных:
- Система поддержки и автоматизации процесса неинвазивного ДНК скрининга;
- Базы данных для медицинских и научных исследований;
- Плагины для автоматизации процесса обработки данных сиквенса для ION Torrent Suite.
Математические модели: модели сложных биологических систем и внутриклеточных процессов, анализ биологических и медицинских данных:
- Моделирование процесса деградации биополимерных скаффолодов;
- Создание динамической модели структуры микробиоты с использованием методов теории графов;
- Математическая модель резорбции биоматериалов адресной доставки лекарственных веществ;
- Модель гидролиза алифатических полиэфиров в биологической среде при ограничении диффузии воды.
Машинное обучение: построение, обучение и внедрение технологии нейросетей, глубинного обучения, методов компьютерного зрения.
- Нейросеть для классификации патологий по данным масс-спектрометрального анализа;
- Поиск скрытых движений на примере анализа сосательной активности недоношенных по видео.
Достижения
Проект Лаборатории биоинформатики поддержан грантом министерства науки и высшего образования России. Работа по Соглашению с Министерством науки и высшего образования России № 14.604.21.0207 от 26.11.2018 г. по теме «Автоматизированная система поддержки принятия врачебных решений при акушерской патологии».
Публикации лаборатории
- T-Cell Immunity in COVID-19-Recovered Individuals and Individuals Vaccinated with the Combined Vector Vaccine Gam-COVID-Vac. Krechetov SP, Vtorushina VV, Inviyaeva EV, Gorodnova EA, Kolesnik SV, Kudlay DA, Borovikov PI, Krechetova LV, Dolgushina NV, Sukhikh GT. International Journal of Molecular Sciences. 2023; 24(3):1930. https://doi.org/10.3390/ijms24031930
- ОЦЕНКА СОСАТЕЛЬНОГО РЕФЛЕКСА И ЭФФЕКТИВНОСТИ ЭНТЕРАЛЬНОГО ПИТАНИЯ У НОВОРОЖДЕННЫХ В ТЕЧЕНИЕ ПЕРВЫХ МЕСЯЦЕВ ЖИЗНИ. Рюмина И.И., Боровиков П.И., Нароган М.В., Кухарцева М.В., Лагутин В.В., Орловская И.В., Зубков В.В., Дегтярев Д.Н. Акушерство и гинекология. 2021. № 2. С. 105-112.