Задачи лаборатории «Прикладной транскриптомики»

1. Разработка тест-систем диагностики преэклампсии, врастания плаценты, ГСД в первом триместре беременности по профилю экспрессии внеклеточных малых некодирующих РНК.
2. Разработка тест-системы оценки имплантационного потенциала эмбриона на стадии морулы и бластоцисты по профилю экспрессии малых некодирующих РНК в среде культивирования.
3. Разработка тест-системы оценки рецептивности эндометрия по профилю экспрессии малых некодирующих РНК в аспирате из полости матки в рамках проведения программы ВРТ.
4. Разработка тест-систем оценки фертильности супружеской пары по профилю экспрессии малых некодирующих РНК в фолликулярной жидкости и семенной плазме.
5. Оценка эффективности ФЭТО-терапии по профилю экспрессии малых некодирующих РНК в околоплодных водах при врожденной диафрагмальной грыже плода различной степени тяжести.
6. Оценка эффективности хирургического и терапевтического лечения глубокого инфильтративного эндометриоза по профилю экспрессии малых некодирующих РНК в плазме периферической крови пациенток.
7. Поиск РНК-маркеров (малые некодирующие, мРНК) серозного рака яичника различных гистологических типов.
8. Оценка прогностической значимости уровня экспрессии малых некодирующих РНК в плазме крови новорожденных первых суток жизни в развитии неонатальных осложнений в зависимости от степени тяжести COVID19 у беременных.
9. Оценка прогностической значимости уровня экспрессии малых некодирующих РНК в плазме крови новорожденных первых суток жизни в развитии неонатальных осложнений при различных патологиях беременности, в том числе преэклампсии, СЗРП, врастании плаценты.
10. Оценка прогностической значимости уровня экспрессии малых некодирующих РНК в плазме крови новорожденных с гипоксически-ишемической энцефалопатией в условиях управляемой лечебной гипотермии.
11. Прогностическая оценка эффективности индукции родов на основе исследования паттернов экспрессии сигнальных молекул (тканевых и экзосомальных мкРНК), регулирующих механизм запуска родовой деятельности.

Достижения лаборатории «Прикладной транскриптомики»

1. выдан патент на изобретение “КОЛИЧЕСТВЕННАЯ ОЦЕНКА HSA-MIR-16-5P, HSA-MIR-425-5P, HSA-MIR-17-5P, HSA-MIR-20A-5P, HSA-MIR-101-3P, HSA-MIR-30D-5P И HSA-MIR-93-5P В ПЛАЗМЕ ПЕРИФЕРИЧЕСКОЙ КРОВИ ЖЕНЩИН КАК СПОСОБ НЕИНВАЗИВНОЙ ДИАГНОСТИКИ СЕРОЗНЫХ ПОГРАНИЧНЫХ ЦИСТАДЕНОМ И ЦИСТАДЕНОКАРЦЕНОМ ЯИЧНИКА”, авторы: Тимофеева А.В., Чаговец В.В., Асатурова А.В., Санникова М.В., Хабас Г.Н., Франкевич В.Е., Сухих Г.Т. (зарегистрирован патент RU 2688169 C9)
2. выдан патент на изобретение “Количественная оценка соотношения hsa-miR-30c-5p/VIM, hsa-miR-28-3p/VIM, hsa-miR-1-3p/ANXA2, hsa-miR-30c-5p/FBN1, hsa-miR-15b-5p/MYL6 tr.v.1, hsa-miR-15b-5p/MYL6 tr.v.2, hsa-miR-185-3p/FLNA, hsa-miR-1-3p/YWHAZ, hsa-miR-30c-5p/YWHAZ и hsa-miR-654-3p/FGA в плацентарной площадке женщин в день родоразрешения на сроке более 34 недель гестации как способ дифференциальной диагностики синдрома задержки развития плода, преэклампсии и синдрома маловесного к сроку гестации плода”, авторы: Тимофеева АВ, Федоров ИС, Чаговец ВВ, Стародубцева НЛ, Франкевич ВЕ, Шмаков РГ, Сухих ГТ (зарегистрирован патент RU 2771205 C1)
3. проведены прорывные исследования по оценке имплантационного потенциала эмбриона по уровню экспрессии малых некодирующих РНК (микроРНК и пивиРНК) в среде культивирования на стадии морулы и бластоцисты методом глубокого секвенирования РНК и количественной ПЦР в реальном времени в рамках проведения программ вспомогательных репродуктивных технологий. Результаты работ опубликованы в высокорейтинговых иностранных журналах (Q1): Timofeeva A, et al. Small Noncoding RNA Signatures for Determining the Developmental Potential of an Embryo at the Morula Stage. Int J Mol Sci. 2020 Dec 10;21(24):9399. doi: 10.3390/ijms21249399; Timofeeva A, et al. Small Noncoding RNA Signatures for Determining the Developmental Potential of an Embryo at the Morula Stage. Int J Mol Sci. 2020 Dec 10;21(24):9399. doi: 10.3390/ijms21249399.
4. Timofeeva AV, Fedorov IS, Shamina MA, Chagovets VV, Makarova NP, Kalinina EA, Nazarenko TA, Sukhikh GT. Clinical Relevance of Secreted Small Noncoding RNAs in an Embryo Implantation Potential Prediction at Morula and Blastocyst Development Stages. Life (Basel). 2021 Dec 1;11(12):1328. doi: 10.3390/life11121328. PMID: 34947859; PMCID: PMC8706231. номинирована для участия в конкурсе на лучшую публикацию в 2021 году “Life 2022 Best Paper Awards”
4. созданы диагностические тест-системы выявления различных форм патологического прикрепления плаценты по сочетанному определению уровня экспрессии микроРНК miR-21-5p, miR-320a и miR-92a-3p или их гена-мишени секреторной формы кластерина (α-субъединицы) в плазме периферической крови беременных на сроке 31-34 недели. Timofeeva AV, Fedorov IS, Pirogova MM, Vasilchenko ON, Chagovets VV, Ezhova LS, Zabelina TM, Shmakov RG, Sukhikh GT. Clusterin and Its Potential Regulatory microRNAs as a Part of Secretome for the Diagnosis of Abnormally Invasive Placenta: Accreta, Increta, and Percreta Cases. Life (Basel). 2021 Mar 24;11(4):270. doi: 10.3390/life11040270.
5. проведено детальное исследование профиля экспрессии мкРНК в ткани плаценты и периферической крови женщин на момент родоразрешения с ранней и поздней преэклампсией методом глубокого секвенирования и количественной ПЦР в реальном времени. Опубликовано 2 статьи на данную тему: Timofeeva A.V., Gusar V.A., Kan N.E., Prozorovskaya K.N., Karapetyan A.O., Bayev O.R., Chagovets V.V., Frankevich V.E., Sukhikh G.T., Kliver S.F., Iakovishina D.Y. IDENTIFICATION OF POTENTIAL EARLY BIOMARKERS OF PREECLAMPSIA. Placenta. 2018. Т. 61. С. 61-71; Gusar V, Timofeeva A, Chagovets V, Kan N, Vasilchenko O, Prozorovskaya K, Ivanets T, Sukhikh G. Preeclampsia: The Interplay Between Oxygen-Sensitive miRNAs and Erythropoietin.  J Clin Med. 2020 Feb 20;9(2):574. doi:10.3390/jcm9020574.
6. выявлены дифференциально экспрессирующиеся мкРНК, участвующие в развитии гипоксически-ишемических поражений головного мозга и инфекционно-воспалительных заболеваний у глубоко недоношенных детей с экстремально низкой массой тела. Опубликована статья по данной теме: Тимофеева А.В., Никитина И.В., Гусар В.А., Чаговец В.В., Киртбая А.Р., Ионов О.В., Дегтярев Д.Н., Кан Н.Е., Франкевич В.Е. ЦИРКУЛИРУЮЩИЕ МКРНК КАК РАННИЙ ИНДИКАТОР ИНФЕКЦИОННО-ВОСПАЛИТЕЛЬНЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ У НОВОРОЖДЕННЫХ. Неонатология: новости, мнения, обучение. 2018. Т. 6. № 4 (22). С. 34-48.
7. Получена сигнатура очагов ретроцервикального эндометриоза методом глубокого секвенирования и количественной ПЦР в реальном времени. Опубликована статья по данной теме: Бобров М.Ю., Балашов И.С., Филиппова Е.С., Альмова И.К., Тимофеева А.В., Гусар В.А., Боровиков П.И., Хилькевич Е.Г., Чупрынин В.Д., Павлович С.В. ОЦЕНКА ЭКСПРЕССИИ МИКРОРНК В ОЧАГАХ РЕТРОЦЕРВИКАЛЬНОГО ЭНДОМЕТРИОЗА. Акушерство и гинекология. 2018. № 6. С. 55-61.
8. Разработаны модели логистической регрессии на основе данных глубокого секвенирования малых некодирующих РНК из маточного аспирата женщин накануне переноса эмбриона в криоцикле в рамках проведения программы ВРТ, позволяющие оценивать рецептивность эндометрия и прогнозировать наступление беременности
9. Впервые продемонстрирована  повышенная экспрессия  конъюгированных форм SUMO 1-4 в экзосомах беременных с тяже