Этап 1

В ходе выполнения проекта «Создание методики неинвазивной экспресс-диагностики рака шейки матки методами масс-спектрометрии» по Соглашению о предоставлении субсидии от от 28.07.2016 г. № 14.613.21.0059 с Минобрнауки России в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» на этапе № 1 в период с 28.07.2016 г. по 31.12.2016 г. выполнялись следующие работы:

1.1 Анализ современной научно-технической, нормативной, методической литературы, затрагивающей научно-техническую проблему, исследуемую в рамках научныхисследований.

1.2 Разработка дизайна проспективного исследования.

1.3 Разработка дизайна продольного исследования. 1.4 Разработка методик сбора и предварительной подготовки образцов тканей шейки матки и ЦВЖ.

1.5 Патентные исследования.

При этом были получены следующие результаты:

- Проведен анализ научно-технической литературы, нормативно-технической документации и других материалов, относящихся к разрабатываемой теме научного исследования в части разработки методики неинвазивной экспресс-диагностики и прогнозирования развития неоплазий шейки матки на базе масс-спектрометрии за период  2011 по 2016 гг. В результате анализа было выявлено, что изучение протеомного и метаболомного профилей цервиковагинальной жидкости представляется перспективным подходом для экспресс-диагностики и прогнозирования течения неопластического процесса шейки матки. Новизна разрабатываемой технологии представляется исключительно высокой, так как подобные методы неинвазивной экспресс-диагностики предраковых состояний и рака шейки матки в мире отсутствуют.

- Разработан дизайна проспективного и продольного исследования. Исследовательские работы должны проводится в соответствии с разработанным дизайном и начинаться с анализа состава цервиковагинальной жидкости пациентов с установленным диагнозом, подтвержденным другими методами исследований с применением разработанной инструментальной базы, а также биоинформационного анализа выходных данных. 

- Разработаны методики сбора и предварительной подготовки образцов тканей шейки матки и ЦВЖ. Для забора ЦВЖ были опробованы несколько вариантов растворителей. Были исследованы различные подходы к гомогенизации образцов. Наиболее эффективным показал себя подход, являющийся модификацией метода Фолча.

- Проведены патентные исследования в соответствии с ГОСТ 15.011-96. В результате патентного поиска было выявлено, что поиску биомаркеров отводится незначительная роль (лишь 3 из 21 патента). Следовательно, необходимо сосредоточиться на разработке эффективных методов введения пробы цервиковагинальной жидкости в анализатор, в том числе, разработке источника ионизации, совместимого с коммерчески доступными масс-спектрометрами и определение оптимальных параметров эксперимента. 

Полученные результаты соответствуют требованиям к выполняемому проекту

Этап 2

В ходе выполнения проекта «Создание методики неинвазивной экспресс-диагностики рака шейки матки методами масс-спектрометрии» по Соглашению о предоставлении субсидии от от 28.07.2016 г. № 14.613.21.0059 с Минобрнауки России в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» на этапе № 2 в период с 01.01.2017 г. по 31.12.2017 г. выполнялись следующие работы:

2.1 Произведено описание и выполнен анализ подходов к экспресс-диагностике и прогнозу развития неоплазий шейки матки масс–спектрометрическими и биоинформатическими методами.

2.2  Выполнен анализ молекулярного состава цервиковагинальной жидкости (ЦВЖ) здоровых пациенток для создания референсной базы данных.

2.3 Проведен мониторинг молекулярного состава ЦВЖ и ткани шейки матки от пациенток с неоплазиями различной степени тяжести.

2.4 Проведен сравнительный анализ протеомных и липидомных данных, полученных для экстрактов тканей и ЦВЖ с помощью МС и ЖХ-МС, с результатами их экспресс- анализа.

2.5 Выполнены молекулярно-генетические исследования: определение экспрессии мРНК p16, Ki67, PGR, BCL2, BAG1, BAX, ESRL, COX2, SCUBE2, PTEN, CTSL2,TLR7,OSM, определены тип и количественная нагрузка вируса папиломы человека (ВПЧ).

2.6 Проведен сравнительный анализ молекулярного состава тканей шейки матки и ЦВЖ пациенток на базе различных масс-спектрометрических подходов и молекулярно-генетических исследований.

2.7 Разработана  комплексная методика на базе предлагаемых методов для определения маркеров неопластических процессов в шейке матки с помощью методов прямой масс-спектрометрии и всестороннего протеомного и липидомного анализа тканей и ЦВЖ на базе ЖХ-МС высокого разрешения.

2.8 Разработаны СОП для прямых (без пробоподготовки) методов анализа ЦВЖ и легколетучих соединений в ЦВЖ, тканей, позволяющих строить молекулярные профили, воспроизводимо характеризующие состав ткани и ЦВЖ.

2.9 Разработаны СОП для всестороннего протеомного и липидомного анализа тканей и ЦВЖ на базе хромато-масс-спектрометрии высокого разрешения.

2.10 Разработаны СОП для оптимальной методики определения молекулярного состава тканей шейки матки и ЦВЖ на базе различных масс-спектрометрических подходов.

2.11 Создана база данных образцов с указанием клинических и демографических данных пациента, результатов цитологического и гистологического исследования шейки матки,  езультатов молекулярно-генетических методов анализа, а также биомаркеров ЦВЖ и тканей шейки матки для оценки состояния пациенток с цервиковагинальными неопластическими процессами.

2.12 Разработано программное обеспечение для преобразования исходных масс-спектрометрических данных в табличную форму для дальнейшего биоинформатического анализа.

2.13 Проведены дополнительные патентные исследования при подаче заявки на патент.

Комиссия Минобрнауки России на заседании 30 мая 2018 г. признала обязательства по Соглашению на отчетном этапе исполненными надлежащим образом.

Этап 3

В ходе выполнения проекта «Создание методики неинвазивной экспресс-диагностики рака шейки матки методами масс-спектрометрии» по Соглашению о предоставлении субсидии от от 28.07.2016 г. № 14.613.21.0059 с Минобрнауки России в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» на этапе №3 в период с 01.01.2018 г. по 31.12.2018 г. выполнялись следующие работы:

3.1  Проведена идентификация и описаны пути передачи сигналов в клетках эпителия шейки матки, связанных с наблюдаемыми корреляциями между протеомными данными и данными по экспрессии мРНК при неоплазиях шейки матки в зависимости от тяжести поражения эпителия шейки матки.

3.2 Разработана панель белков-регуляторов, играющих ключевую роль при поражениях эпителия шейки матки различной степени, основанная на анализе сигнальных и метаболических путей.

3.3 Определены наиболее перспективные биомаркеры среди ключевых регуляторов для создания новой тест-системы для ранней диагностики и прогнозирования течения неоплазий шейки матки.

3.4 Разработан и описан метода диагностики неоплазий шейки матки и метод определения риска малигнизации ткани шейки матки, включающий: - комплексный классификатор (на базе как данных прямой масс-спектрометрии, протеомики и липидомики, так и результатов молекулярно- генетического анализа) для диагностики и прогноза течения неопластических процессов шейки матки; - клинические рекомендации с использованием созданного в рамках проекта комплексного классификатора для ведения пациенток с неоплазиями шейки матки.

3.5 Создан пакет программ для комплексного биоинформатического и статистического  анализа баз данных для неинвазивной диагностики и прогнозирования течения онкологических заболеваний шейки матки с использованием цервиковагинальной жидкости.

3.6 Спроектирована, изготовлена и внедрена в ФГБУ "НМИЦ АГП им. В.И.Кулакова"  рабочая модель аппаратно-программного комплекса для диагностики и прогнозирования течения неоплазий шейки матки с использованием молекулярных маркеров цервиковагинальной жидкости и тканей шейки матки.

3.7 Разработан проект технического задания на выполнение ОКР по теме: «Разработка диагностической платформы для прогнозирования течения неоплазий шейки матки с использованием молекулярных маркеров цервиковагинальной жидкости и тканей шейки матки с использованием прямой масс-спектрометрии».

3.8 Проведена технико-экономическая оценка результатов научных исследований и подготовлены рекомендации по реализации (коммерциализации) результатов научных исследований.

3.9 Проведены дополнительных патентные исследования при подаче заявки на патент.

Полученные результаты соответствуют требованиям к выполняемому проекту.