Этап № 1

В ходе выполнения проекта по Соглашению о предоставлении субсидии от 05 июня 2014 г. № 14.607.21.0019 с Минобрнауки России в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» на этапе № 1 в период с 05 июня 2014 г. по 31 декабря 2014 г. выполнялись следующие работы:

1. аналитический обзор современной научно-технической, нормативной, методической литературы, затрагивающей научно-техническую проблему, исследуемую в рамках ПНИ;
2. проведение патентных исследований;
3. разработка технических требований к коллекции образцов биологических материалов (КБМ);
4. разработка критериев включения пациентов в группы для создания КБМ;
5. разработка протоколов обследования пациентов для создания КБМ;
6. разработка критериев формирования полярных групп пациентов (ПГ);
7. создание пилотной КБМ;
8. подготовка (дооснащение) производства для изготовления макетов диагностических тест-систем;
9. материально-техническое обеспечение и иные расходы на проведение экспериментальных и клинико-диагностических работ этапа 1.

 Были получены следующие результаты:

- Проведён анализ современной научно-технической, нормативной и методической литературы по теме прикладных научных исследований,  глубина поиска составила 35 лет.  

- Проведены патентные исследования по странам — основным производителям и потребителям диагностических тест-систем на основе технологии ПЦР в режиме реального времени, глубина поиска составила 15 лет. Разработаны технические требования к коллекции образцов биологических материалов, полностью соответствующие требованиям Технического задания.

- Сформулированы, в частности, требования к структуре коллекции и минимальному количеству образцов биологических материалов.

- Разработаны критерии включения пациентов в группы для создания коллекции биологических материалов; разработаны протоколы обследования пациентов для создания коллекции биологического материала; разработаны критерии формирования полярных групп пациентов.

- Создана пилотная коллекция биологических материалов. Для включения в пилотную коллекцию отобрано 349 образцов биоматериалов 7 типов у 106 пациентов. Отработаны процедура обследования пациентов согласно разработанным протоколам и процедура депонирования материала в Биобанке ФГБУ «НЦАГиП им. В.И. Кулакова».

- Индустриальным партнёром за счёт внебюджетных средств выполнена подготовка (дооснащение) производства для изготовления макетов диагностических тест-систем. В результате проведённых работ существующее производство адаптировано для изготовления компонентов макетов тест-систем.

Комиссия Минобрнауки России признала обязательства по Соглашению на отчетном этапе исполненными надлежащим образом.

Этап № 2

В ходе выполнения проекта по Соглашению о предоставлении субсидии от 05 июня 2014 г. № 14.607.21.0019 с Минобрнауки России в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» на этапе № 2 в период с 01 января 2015 г. по 30 июня 2015 г. выполнялись следующие работы:

• Создание КБМ (1-я очередь).
• Поиск маркеров биологических свойств возбудителей в образцах биологических материалов от пациентов полярных групп, в том числе:
• Определение чувствительности выявленных штаммов к основным противомикробным препаратам.
• Проведение протеометрического профилирования.
• Проведение полногеномного анализа.
• Маркетинговые исследования.

 Были получены следующие результаты:

• Набрана 1-я очередь коллекции биологических материалов. В состав коллекции включены биоматериалы, полученные от 303 женщин репродуктивного возраста (94 беременных и 209 вне беременности) и 110 новорожденных (в том числе четверых детей, родившихся с очень низкой массой тела при рождении, и трёх — с экстремально низкой массой тела при рождении). Субколлекция репрезентативных штаммов набрана в количестве 768 штаммов (из них паспортизованных по фенотипическим свойствам 694, протеометрическим — 76 и молекулярно-генетическим — 185), в том числе штаммы S. aureus, CoNS, S. agalactiae, G. vaginalis, K. pneumoniae и прочих.
• Выполнен поиск маркеров биологических свойств возбудителей в образцах биологических материалов от пациентов полярных групп, в том числе определена чувствительность выявленных штаммов к основным противомикробным препаратам, проведено протеометрическое профилирование, проведён полногеномный анализ репрезентативных штаммов. Анализ распространенности чувствительных и устойчивых к метронидазолу штаммовG. vaginalis среди женщин с различным течением БВ показал, что устойчивые к метронидазолу штаммы наиболее часто встречались у пациенток с рецидивирующим течением БВ. Стоит отметить, что все случаи рецидива БВ ассоциировались с I и III генотипами G. vaginalis, все изоляты которых были носителями Gvsi и продуцентами сиалидазы. Перспективным маркером для выявления наиболее патогенных штаммов Streptococcus agalactiae может быть определение gbs2018 и Sag SiG P1 Fam. Среди циркулирующих в неонатальном стационаре CoNS 76% представлены видом S. epidermidis и принадлежат к единому клональному комплексу, среди представителей которого необходимо изучение основных факторов вирулентности.
• Ппроведено полногеномное секвенирование 3 штаммов G. vaginalis, 7 штаммов CoNS, 16 штаммов K. pneumoniae.
• Выполнены  маркетинговые исследования. В качестве ключевых потребителей выявлены государственные медицинские учреждения в крупных городах, что накладывает специальные требования к продвижению перспективных тест-систем на рынке.

Полученные результаты соответствуют требованиям к выполняемому проекту

Комиссия Минобрнауки России признала обязательства по Соглашению на отчетном этапе исполненными надлежащим образом.

Этап № 3

В ходе выполнения проекта по Соглашению о предоставлении субсидии от 05 июня 2014 г. № 14.607.21.0019 с Минобрнауки России в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» на этапе № 3 в период с 01 июля 2015 г. по 31 декабря 2015 г. выполнялись следующие работы:

1. Создание КБМ (2-я очередь).
2. Уточнение маркеров биологических свойств возбудителей в образцах биологических материалов КБМ (1-я и 2-я очередь).
3. Сравнительный биоинформатический анализ протеометрических и полногеномных данных.
4. Формирование перечня наиболее информативных маркеров маркеров.
5. Разработка программ и методик (ПМ) исследовательских испытаний (ИИ) макетов тест-систем.
6. Обоснование и выбор составных частей и принципа компоновки комплекса диагностических тест-систем.
7. Материально-техническое обеспечение и иные расходы на проведение экспериментальных и клинико-диагностических работ этапа 3.

Были получены следующие результаты:

• Собран биологический материал от 112 новорожденных  и 299 женщин. Таким образом, общую коллекцию  составил биоматериал от 669 женщин репродуктивного возраста (241 беременной и 428 вне беременности) и 261 новорожденного (в том числе 16 с врожденными пороками развития, требующими хирургической коррекции в первые сутки после рождения). В течение этапа 3 субколлекция репрезентативных штаммов набрана в количестве 198 штаммов, в том числе в коллекцию включены штаммы энтеробактерий (E. coli) и энтерококков (E. faecalis, E. faecium). Таким образом, общее число штаммов в субколлекции КРШ (коллекция репрезентативных штаммов) составило 966.
• Выполнено уточнение маркеров биологических свойств возбудителей в образцах биологических материалов КБМ (1-я и 2-я очереди). Дополнительно охарактеризованы 496 штаммов из общей коллекции репрезентативных штаммов объёмом 966 штаммов. Проведен сравнительный биоинформатический анализ протеометрических и полногеномных данных для 75 штаммов. По результатам сравнительного анализа сформирован перечень наиболее информативных маркеров, подготовлены эскизы диагностических тест-систем. В общей  сложности в состав макетов тест-систем планируется включить 41 маркер.
• Разработаны программы и методики исследовательских испытаний макетов тест-систем. Испытания запланированы на следующий этап ПНИЭР и должны будут подтвердить основные технические характеристики разрабатываемых тест-систем. Одним из основных в ходе испытаний будет сравнение результатов, получаемых с помощью разрабатываемых тест-систем, с результатами референсных апробированных методик.
• Индустриальным партнёром проекта — ЗАО «НПФ ДНК-Технология» — за счёт собственных (внебюджетных) средств выполнен выбор составных частей и принципа компоновки комплекса диагностических тест-систем. Определены наборы зондов и соответствующих флуорохромов, оценена приемлемость мультиплексирования одиночных тестов.

Комиссия Минобрнауки России признала обязательства по Соглашению на отчетном этапе исполненными надлежащим образом.

Этап № 4

В ходе выполнения проекта по Соглашению о предоставлении субсидии от 05 июня 2014 г. № 14.607.21.0019 с Минобрнауки России в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» на этапе № 4 в период с 01 января 2016 г. по 30 июня 2016 г. выполнялись следующие работы:

1. Создание коллекции БМ (3-я очередь).
2. Исследовательские испытания макетов тест-систем.
3. Разработка ПМ доводочных испытаний (ДИ) макетов тест-систем.
4. Разработка технической документации на диагностические тест-системы.
5. Создание макетов диагностических тест-систем, в т.ч. синтез олигонуклеотидных праймеров и зондов.
6. Материально-техническое обеспечение и иные расходы на проведение экспериментальных и клинико-диагностических работ этапа 4.

Были получены следующие результаты:

• Набрана 3-я очередь коллекции биологических материалов, и тем самым завершено формирование КБМ. На 4 этапе субколлекция репрезентативных штаммов дополнена 45 штаммами Escherichia coli, 26 штаммами Klebsiella pneumoniae, 6 штаммами Enterobacter cloacae и 74 штаммами дрожжевых грибов Candida и Malassezia. Завершена паспортизация 43 штаммов Gardnerella vaginalis, включенных в коллекцию на предыдущем этапе. Таким образом, общее число штаммов в субколлекции КРШ составило 1005 штук.
• По ранее разработанным программам и методикам проведены исследовательские испытания макетов диагностических тест-систем, подтверждена работоспособность выбранных технических решений. Разработаны программы и методики доводочных испытаний макетов диагностических тест-систем, предназначенных для уточнения диагностических параметров разрабатываемых тест-систем.
• Индустриальным партнёром проекта — ООО «НПФ ДНК-Технология» — за счёт собственных (внебюджетных) средств созданы макеты диагностических тест-систем, использованные для проведения исследовательских испытаний, в том числе проведён синтез олигонуклеотидных праймеров и зондов. В ходе создания макетов тест-систем созданы  макеты контрольных образцов. Разработана техническая документация (проекты) на разрабатываемые тест-системы.

Комиссия Минобрнауки России признала обязательства по Соглашению на отчетном этапе исполненными надлежащим образом.

Этап № 5

В ходе выполнения проекта по Соглашению о предоставлении субсидии от 05 июня 2014 г. № 14.607.21.0019 с Минобрнауки России в рамках федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» на этапе № 5 в период с 01 июля 2016 г. по 31 декабря 2016 г. выполнялись следующие работы:

1. Доводочные испытания макетов тест-систем.
2. Проведение дополнительных патентных исследований.
3. Оценка эффективности полученных результатов в сравнении с современным научно-техническим уровнем
4. Разработка проекта медицинской технологии.
5. Разработка технико-экономического обоснования разработки продукции.
6. Разработка проекта технического задания на опытно-конструкторские работы.
7. Оценка стоимости созданной интеллектуальной собственности.
8. Материально-техническое обеспечение и иные расходы на проведение экспериментальных и клинико-диагностических работ этапа 5.

Были получены следующие результаты:

• Выполнены доводочные испытания макетов диагностических тест-систем по ранее разработанным и утверждённым программам и методикам. В ходе испытаний подтверждены перспективы коммерциализации разработанных тест-систем, предложено сократить состав панелей маркеров (исключить 2 маркера из состава тест-системы «Резистентность» и 13 маркеров — из состава тест-системы «Патогенность»).
• Проведен дополнительные патентные исследования, в ходе которых подтверждена патентоспособность отобранных панелей маркеров. Выполнена оценка эффективности полученных результатов в сравнении с современным научно-техническим уровнем. Разработаны проект медицинской технологии, технико-экономическое обоснование разработки продукции и проект технического задания на опытно-конструкторские работы.
• Индустриальным партнёром проекта — ООО «НПФ ДНК-Технология» — за счёт собственных (внебюджетных) средств выполнена оценка стоимости созданной интеллектуальной собственности.

Комиссия Минобрнауки России признала обязательства по Соглашению на отчетном этапе исполненными надлежащим образом.